The Men in Black selalu melindungi Bumi dari mahluk buangan dari seluruh alam semesta. Dalam petualangan baru ini, mereka menangani ancaman terbesar mereka hingga saat ini yaitu penghianat dalam organisasi yang ternyata adalah serangan alien ganas bernama Hive yang dapat mengubah wujudnya menjadi seperti layaknya manusia, dan mengancam keamanan dunia, dan organisasi MIB.